HERBASE - DOCUMENTAÇÃO

Ferramentas para novos contribuidores

Se você deseja contribuir dados para a HERBASE, aqui você pode encontrar as tabelas modelo e alguns códigos para ajudar a colocar os dados no formato requerido. Estamos usando o formato datalong, que é mais eficiente para o manejo. No formato datalong da HERBASE casa linha é a contagem de indivíduos (e/ou a % cobertura) de uma espécie em uma parcela. Como sabemos que muitas vezes os pesquisadores armazenam os dados no formato datawide (parcelas x espécies), nós fornecemos um código em R para fazer a conversão de datawide para datalong.

• Tabela modelo para entrar dados e metadados  [arquivo model_herb_data_metadata.xlsx]
• Código R para transformar tabelas wide para long  [link para arquivo script_data_transformation.R]

Nós também sugerimos que você faça a checagem taxonômica de suas espécies antes de enviar os dados, usando alguma das ferramentas de checagem automatizada que fornecemos abaixo. O comitê taxonômico da HERBASE vai também fazer uma nova checagem para garantir que os dados estão de acordo com os padrões da base.

Flora do Brasil Online 2020: https://floradobrasil.jbrj.gov.br

Pacote FLORA (R): https://cran.r-project.org/web/packages/flora/index.html

Pacote TAXIZE (R): https://cran.r-project.org/web/packages/taxize/index.html

Ferramentas para dar suporte à novos inventários de ervas

Se você planeja começar novos inventários de ervas, cheque abaixo os protocolos sugeridos e alguns materiais para auxiliar a identificação.

• Protocolos sugeridos
• Exemplo de protocolo: amostragem de samambaias no PPBio

https://www.youtube.com/watch?v=RGr-eocYCRU

https://www.youtube.com/watch?v=HpBT2MWj9Us

• Guias de identificação de alguns grupos de ervas

Guia para identificação de Zingiberales da Amazônia Oriental Brasileira https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/323%20Zingiberales-e1.pdf

Guia para identificação de Zingiberales da Amazônia Ociental Brasileira https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/Guia_zingiberales_Ebook.pdf

Guia para a identificação de ervas leguminosas da Savana de Boa Vista https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/LegSavanas-RR_PPBio_09.12.2009.pdf

Guia para a identificação de macrófitas dos sítios PPBio de Roraima https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/785_brazil_macrophytes_of_roraima.pdf

Guia para a identificação de Samambaias da Reserva do Uatumã https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/GuiaSamambaiasUatumaFINAL.pdf

Guia para a identificação de marantáceas das Reservas Ducke e Uatumã https://ppbio.inpa.gov.br/sites/default/files/GUIA-marantaceas-ebook_bot.pdf

Guia de campo de herbáceas aquáticas: várzea Amazônica https://repositorio.inpa.gov.br/handle/1/4741

Field Guides of the Chicago Field Museum https://fieldguides.fieldmuseum.org/